Como nunca trabajé con FTPS me encuentro leyendo algo de documentación al respecto. Lo más claro que encontré es esto
http://www.zephyrcorp.com/ftps.htm
Por lo que asumo que tu problema es agregar el certificado del servidor para que sea reconocido por el cliente como un certificado válido, ¿es así?
Si ese es el problema, asumo desde la ignorancia que cada cliente FTP debería preguntar si acepta el certificado o no, con la opción de aceptarlo siempre.
En el caso de PHP, no veo documentación oficial detallada, pero ¿qué sucede cuando intentas conectar? creo que es hora de buscar una solución más "sintomática"
Saludos.