Hola, por fin encontre la solución y era más sencilla de lo que parecia. Simplemente para este caso se debe enviar el .key y el .crt por medio de funciones de XMLRPC como se muestra a continuación:
$key = '/usr/local/apache2/htdocs/xxxxx/aaaa.key';
$crt = '/usr/local/apache2/htdocs/xxxxxx/aaaa.crt';
$arreglo = new xmlrpcval(array("dominio"=>new xmlrpcval("undominio.com","string")),"struct");
$f = new xmlrpcmsg('product.availability',$arreglo);
$c = new xmlrpc_client('/DIR','myserverxmlrpc.com', 1897);
$c->setSSLVerifyHost(false);
$c->setSSLVerifyPeer(0);
$c->setKey($key,"");
$c->setCertificate($crt,"");
$c->setDebug(0);
$r = $c->send($f,0,'https');
Espero les sirva en algun momento. Saludos
