Prueba el sistema de
Nested Set funciona bien incluso con muchos niveles de gerarquia, aunque el modelo de las listas de adyacencia tipo ('a','b','a/b/c'), donde 'a' es el nodo en cuestion, 'b' es su padre, y 'a/b/c' es el camino del nodo actual al padre funcionan muy bien y creo que es mas sencillo. Yo he hecho una aplicación usando la "Gene Ontology" que contiene 25454 términos, con una profundidad de 13 usando este sistema, y va como la seda.