Hola Mayid
Creo que en este caso vamos a exculpar a ie (pero sin que se acostumbre
)
La diferencia en px entre navegadores al definir un elemento en em se debe a las distintas configuraciones que el usuario tiene en cada navegador que usa. En concreto al tamaño de la fuente que tenga definido en las opciones.
Esta imagen ya la publiqué en otro hilo (que ahora no encontré) donde comentamos algo al respecto:
Si en las opciones de tu ff cambias ese valor, verás como cambian también los elementos que tengas definidos en em (incluido ese padding en tu página).
Un saludo