Hola:
Si cambias de idioma con una página abierta, tienes que recargar la página o usar el script en esa página abierta (debería estar duplicado en cada página... además en cada enlace, yo suelo añadirle un parámetro que indique el idioma... enlace.php?idioma=es...
Entonces al cambiar de idioma en el frame de los enlaces, quedan accesibles solo los enlaces con la coletilla del lenguaje seleccionado... si es mucho el contenido de las páginas, incluso podrías crear 2 página, una por cada idioma... Te paso un enlace:
Páginas multilenguaje con javascript.
saludos
