Hola AnaSanders, bueno es que tienes varias dudas pero empezaré con como agregar un archivo js (JavaScript) tu JSP y lo que tiene que hacer es poner el archivo JS al mismo nivel que JSP y poner esta línea en el head del jsp:
Código HTML:
<script src="archivo.js" type="text/javascript"></script>
o en tu caso...
Código HTML:
<script src="swfobject.js" type="text/javascript"></script>
de esta manera incluyes todo el código js a tu jsp lo cual ya tienes hecho.
Ahora todo lo que esté en en etiquetas
Código HTML:
<script></script>
lo pones en ese archivo sin las etiquetas es decir tu archivo js se veria algo asi:
Código HTML:
var so = new SWFObject("Evento_Botones.swf", "sotester", "300", "300", "9", "#FF6600");
so.addParam("allowScriptAcces","always");
so.write("flashcontent");
y lo borras del jsp y eso es todo, al cargarse la página se ejecuta, todo lo que esté en el archivo js, no tienes que mandarlo a llamar a menos de que lo pongas en una función pero no es el caso así que espero haberte ayudado...