Comentario rápido: ¡Documentación!
http://www.phpdoc.org/
Aunque la tienes, no tiene una forma estándar. Si la aplicases bien, podrás poner a disposición la documentación igual cómo página HTML, además de que un buen IDE deberá mostrarte dicha información al momento de programar, lo cuál facilita muuuucho la tarea; siempre es agradecida.
Mis 2 centavos.