Si tu servidor es apache te dejo aquí un enlace de como hacerlo
http://www.codigomaestro.com/apache/...ado-en-apache/
Si usas otro servidor tendrás que mirar la documentación, pero tal y como lo explicas entiendo que no tienes configurado el servidor para cargar por defecto el index.php
en cuanto a lo de la lista de directorios denegadas me da que podría ser debido a permisos o a configuración del ftp.
Espero te sirva mi respuesta.