intenta primero pasar el numero por
Math.floor para quitar la parte decimal. asumo que queras
Math.floor porque segun viendo tu ejemplo .56 no redondea al uno. si quieres redondear al uno o cero utiliza
Math.round. luego, utiliza el metodo
toLocaleString para que devuelva el formato con los seperadores de millares.
por otro lado, vas a tener problema en la segunda llamada de la funcion en el setTimeout porque la funcion necesita de un argumento para seguir incrementando. de modo que el primer argumento tiene que ser una funcion anonima con la llamada a la funcion
countDown y su argumento.
Código:
setTimeout(function(){
countDown(numero);
}, 1000);