Intenta a ver colocando esto en tu ventana popup....
Código:
<html>
<head>
<script language="javaScript">
function crefresh() {
window.opener.location.reload();
window.close();
}
</script>
</head>
<body>
<input type="button" value="Cerrar y Refrescar" onClick="crefresh()">
</body>
</html>