Desde javascript no se puede ejecutar codigo PHP porque PHP se ejecuta en el servidor y Javascript en el cliente (PC del usuario), para cuando javascript se esta ejecutando, PHP ya finalizo.
La logica de tu script (sin usar javascript) seria algo como:
Código:
if(sesion iniciada) {
Mostrar pagina con mensaje para avisar que ya inicio sesion
// Finalizar ejecucion?
}
Continuar el proceso normal