Hola arielgon, la concatenacion esta mal, por eso te dice q no encontro el directorio
Código PHP:
$name=$line["user"];
$nombre_archivo = $_FILES['archivo']['name'];
$source = $_FILES['archivo']['tmp_name'];
$target='albunes/'.$line["user"].'/'.$nombre_archivo;
move_uploaded_file($source, $target);
Salud2