Ok ...
vamos a ver si entendí ....
tienes una cadena generada por un software que aunque se ve vacia, en realidad no lo esta ¿es así?
Bueno, se me ocurre entonces dos cosas:
Una, hacer un reeplace de los carecteres que haz detecto por una cadena vacia
Dos, no preguntar por si hay igualdad en el contenido de la cadena, puedes preguntar por si la longitud de ambas cadenas es cero, si los caracteres son no imprimibles, no te contaran como caracteres.
Inténtalo
Saludos
EDITO:
Me tardé en escribir este post y mientras tanto encontraste la solución, ¡bien hecho!
, ahí será para la próxima la ayuda