Tendríamos que empezar por preguntar si lo que quieres es para el mismo reproductor de flash o como capas diferentes en tu página (HTML por ejemplo).
De cualquier forma estaríamos hablando de capas:
* Dentro de la misma animación flash lo podrías hacer de dos formas:
1. Poner tu menú en una capa superior, es decir, situarla en la parte de arriba en el menú de Capas.
2. Llamar a una película SWF con loadMovieNum("tupeliculademenu.swf", 2) siendo el número 2 una capa superior a la 1 que sería la de tu animación de fondo.
* Metiendo reproductor flash en una división con z-index:
<DIV STYLE="position:absolute; font-size:100px; font-family:impact; top:10px; left:10px; color:black; z-index:1">Aquí el embebido flash1 </div>
<DIV STYLE="position:absolute; font-size:100px; font-family:impact; top:10px; left:10px; color:black; z-index:2">Aquí el embebido flash2 </div>
Espero te sirva.