Ya lo soluciones, gracais de todas formas, el problema era que el primer array siemrpe era 0.
Código PHP:
$n
foreach($images as $pair) {
$pool_images .= '<br><input name="imgs['.$n.'][]" type="text" width="50px" />'.
'<input name="imgs['.$n.'][]" type="hidden" value="'.$image->id.'" />';
$n = $n+1;
}