Sigue lo que te indica update alternatives, cambia la versión por defecto que utiliza el sistema. Esta usando la 3: JRE (es la que tiene un asterisco *) Simplemente pulsa 2 para seleccionar sun-java.
EDITO: Estoy mal con lo anterior... jre (*) es correcto... pero el plugin para firefox si esta usando la version de sun-java que actualmente en los repositorios corresponde a la 6.0.14. ¿Instalaste manualmente?
Prueba a volver a setear la alternativa:
Código:
$ sudo update-alternatives --install "/usr/bin/java" "java" "/usr/lib/jvm/jre1.6.0_16/bin/java" 1
$ sudo update-alternatives --set java /usr/lib/jvm/jre1.6.0_16/bin/java