Más que los últimos 3 caracteres, deberías obtener el trozo de nombre que está desde el último punto (ya que un archivo puede llamarse a.b.txt) hasta el final.
Una primera forma que se me ocurre es combinar:
* ls -1
un archivo por línea, solamente el nombre
* grep -oE "([^.]+)$"
-o para que imprima solamente la parte de la línea que coincide con el patrón, -E para que acepte expresiones regulares extendidas, y el patrón dice "secuencia de caracteres diferentes a . que están al final de la línea"
* sort | uniq
mostrar ordenados y sin repetidos
Tonces,
Código:
ls -1 | grep -oE "([^.]+)$" | sort | uniq
Saludos