Tienes un pequeño problema mas bien en entender como corre PHP y como corre Javascript. PHP es un lenguaje que corre en el servidor y javascript es un lenguaje que corre en la computadora del cliente. En circunstancias "normales" PHP corre primero antes que corra javascript. Lo digo así porque existe una tecnología llamada AJAX que primero se ejecuta el javascript para luego llamar una pagina de PHP que ejecuta el codigo y el resultado lo muestra luego en la pagina usando lo que se conoce como
HTML DOM. Lo que tu quieres lo puedes lograr con esta tecnología de AJAX. Te sugiero leer sobre el tema de
AJAX para que puedas lograr lo que tu quieres.