Yo lo haría en 3 pasos, primero sacaría el número con
my @data = $string =~m/(\d\d\d\d\d\d\d\d\d\d\d\d\d\d)/;
y luego lo reemlazas en otra variable
my $date1= $data[0];
$date1 =~ s/(....)(..)(..)(..)(..)(..)/$1-$2-$3 $4:$5:$6/;
ahora reemplazamos
$string =~s/$data[0]/$date1/;
Seguramente no funcione porque no lo probé, pero la idea se entiende
Saludos