Hola.
La entidad 'Sinonimo',por lo que dices, no tiene entidad propia, ni existencia aparte de la entidad 'palabra', por lo que no la definiría como clase.
Creo que más bien, lo que buscas sería una clase Palabra con un método sinonimos que devuelva una List<Palabra> (lista de palabras), esto te servirá siempre que puedas comparar palabras para ver si son iguales, parecidas o lo que necesites.
Espero que te sirva.
Un saludo.