Por lo que veo, se trata de Red Hat. El comando APT no sirve para Red Hat, es propio de Debian y derivados. Por eso te preguntaba qué distro usas. En Red Hat se usa YUM. Creo recordar que bastaba con:
yum install clamav
Rkhunter es, como su nombre indica, un "cazador de rootkits". Lo que hace es analizar los archivos de tu PC para ver si alguno ha sido alterado.
PD: Que tengas acceso vía SSH no quiere decir que tengas permiso de administrador. Puedes tener acceso de "usuario raso". Para saber si tienes permisos de administrador, ejecuta "whoami" (sin comillas). Esto te dirá qué cuenta de usuario estás usando. Si no es ROOT, no tienes permisos de administrador.