Virus en Servidor de Hosting

[-Defero-]

¿De qué distro estábamos hablando? Si se trata de Debian, y tienes acceso de administrador al servidor, basta con ejecutar "apt-get install clamav" (sin comillas). Si no tienes acceso de administrador, pídeles a los administradores que te lo instalen.

En cuanto a tu preocupación por el borrado de los archivos, imagino que puedes ejecutar el antivirus en modo "sólo lectura". Es decir, que detecte los troyanos pero que no los borre, que sólo te indique dónde están. Luego ya tú podrías verificar si se trata de un archivo que puedes borrar tranquilamente.

Además de ClamAV, tal vez te interese ejecutar Rkhunter. Lo mismo:

apt-get install rkhunter