Tranquilamente podes modificar absolutamente todo.
1. Primer consejo: Al core no me lo toques(no es extremadamente necesario) pero para ello tenes los hooks
http://api.drupal.org/api/group/hooks correspondientes
2. El diseño es lo de menos(o al menos es lo que te va a dar menos dolores de cabeza)
3. Piensa que drupal es un conjunto de modulos trabajando en torno a un core(comentarios es un modulo, taxonomias es un modulo, usuarios es un modulo etc etc a todos ellos los podes usar y reemplazar)
4. Te puedes hacer con estos libros
http://books.google.es/books?id=aWYO...tstrap&f=false http://www.packtpub.com/drupal-6-mod...velopment/book
Y la ayuda oficial
http://drupal.org/developing/modules
Advierto que la curva es extremaamente empinada con riesgo de sufrir alucinaciones en le camino y que te causara a la larga una tremenda adicción. Hecha la advertencia.
Urga un poco que vas a encontrar cosas intersantes
http://drupal.org/developing/modules http://www.lullabot.com/writings http://thedrupalblog.com/
Como plus hay una "distribución" lista para usar en intranets, quizas lo puedas probar y partir de alli.
http://www.tecnovita.com/2009/08/pro...bucion-de.html
Saludos