Te dejo un link interesante sobre el tema.
JQuery vs Mootools
Yo la verdad prefiero mootools, me queda mas comodo para trabajar OOP con js, ahora si no vas a usar clases y es solo para controlar algunos eventos y crear algunos efectos,
me tiraria para el lado de JQuery, no creo que te convenga dejar de lado JQuery, ni migrar todo a mootools, lo ideal es seleccionar cual te sirve mas para el proyecto que tengas.
salu2.