El archivo .htaccess suele dar problemas para sobreescribirlo/borrarlo por FTP. Te aconsejo que entres al disco duro del servidor para borrarlo desde ahí o, si no tienes permiso para hacerlo, solicites a alguien que tenga permiso que lo haga por ti (administrador del servidor).
Otra solución sería intentar subir un fichero .htaccess completamente vacío. A veces funciona
