No funciona porque tu otra regla espera que la extensión sea .html, pero es que la regla anterior (la que te di) también, y como está antes pues se "ejecuta" esa y no la siguiente...
Creo que podría valer si a la segunda regla le pones que la extensión sea .php, pero además tendrías que añadir una excepción para index.php:
Código:
IndexIgnore *
Options +FollowSymLinks
RewriteEngine On
RewriteRule ^(.*).html$ $1.php [L]
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/index.php.*$
RewriteRule ^([a-zA-Z0-9_-]+)\.php$ index.php?var1=$1
ErrorDocument 404 http://localhost/www/mipagina.com/index.html