En todos (si todos) los servers Linux que manejo, no hay entorno gráfico instalado. Pero, tengo siempre a mano mi querido
Webmin el cual accedo desde mi laptop o equipo de escritorio (Xubuntu y Mint, respectivamente) y suelo manejar muchas cosas desde allí con mouse y entorno gráfico desde un explorador.
Para configurar los servidores web, uso directamente el módulo de Virtualmin de Webmin, el cual no uso para nada en ningún momento la consola.
El 98% de las cosas posibles para administrar los servidores puede manejarse a traves de Webmin.
Otra cosa que utilizaba mucho mas cuando usaba Mandriva, era el X Forwarding, con lo que ejecutando aplicaciones gráficas de forma remota, la interfaz gráfica de las mismas se me mostraba en mi escritorio (Comparable con ls seamless windows de Citrix, para que lo entiendas) Y, de nuevo, para que lo sepas, no había instalado un entorno gráfico (sí sus librerías y fuentes)
Apostaría, Julcar, que no conocías nada de esto tampoco...
¿Y en cuanto a Windows Server? Podemos citar
Windows Script Host. Su uso es muy extendido en la administración de Active Directory y servidores en general. Yo lo uso mucho para los scripts de usuarios, mapear impresoras, y unidades de red.
Y no tiene nada que ver con administrar el SO con el mouse y entorno gráfico. De hecho hasta para iniciar el Notepad++ uso únicamente el teclado (Win+R, escribir "notepad++" y presionar Enter, sigue siendo más rapido que ir con el mouse al menú inicio)
Entonces, como bien has dicho, investiga muuucho mas sobre las posibilidades de administración de Linux y luego vuelve con lo que has obtenido.
Saludos.