Hola.
Este problema se debe a que cuando vos ejecutas el proyecto para probarlo, visual studio copia la base de datos a una carpeta temporal, por lo tanto vos cuando estas ejecutando todo lo que agreges o modifiques en la base se borrará al detener el proyecto. Por esta razón lo que debes hacer poner provisoriamente la ruta absoluta de la base en tu cadena de conexion así podes ver los cambios que vas haciendo, y luego cuando generas el instalador, volves a dejar la cadena de conexión como estaba antes.
Seguramente en tu conexión es algo así:
Código PHP:
<connectionStrings>
<add name="cadenaDB" connectionString="Data Source=.\SQLExpress;Integrated Security=True;AttachDBFilename=|DataDirectory|TuBaseDeDatos.mdf;User Instance=true" />
Fijate que ahí donde dice DataDirectory debes cambiarlo hasta que decidas crear un instalador:
Código PHP:
<connectionStrings>
<add name="aspnet_staterKits_TimeTracker" connectionString="Data Source=.\SQLExpress;Integrated Security=True;AttachDBFilename=C:\ProyectosWindows\xProyecto\TuBase.mdf;User Instance=true" />