Hola:
Si la consulta trae un ResultSet con campos de varias tablas, el ResultSetMetaData los trata todos igualemente. El problema que puedes tener es que no sepas identificar de qué tabla es cada campo.
Aquí tienes un
ejemplo en el que se usa ResultSetMetaData para meterlos el resultado, sin tener ni idea de qué es, en un JTable. Funciona aunque el SELECT traiga campos de varias tablas, siempre y cuando esos campos no se llamen igual en las dos tablas.
Se bueno.