Hola, ya encontre el problema:
Código:
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//IETF//DTD HTML 2.0//EN">
2<html><head>
3<title>404 Not Found</title>
4</head><body>
5<h1>Not Found</h1>
6<p>The requested URL /Sin-/template.css was not found on this server.</p>
7</body></html>
Lo que pasa el codigo se va ejecutando por partes y al parecer eso afecto que busca el template.css en la raiz.
/Sin-/com_ingrediente/vista/listado_ing_usuario/listado_ing_usuario.php
/Sin-/com_ingrediente/vista/listado_ing_usuario/template.css
/Sin-/layout.html
listado_ing_usuario.php es el que llama al template.css pero lo busca en la carpeta donde esta el layout.html
Solución: <link href="com_ingrediente/vista/listado_ing_usuario/estilo.css" type="text/css" rel="stylesheet">