A la larga la diferencia es mínima, la url de mi firma es un .com, nunca la he geolocalizado pero aparece en búsquedas de
páginas españolas.
La información que le ofrecemos a Google desde el sitemap o el resto de funciones de las herramientas para webmasters es eso, información. Google no la interpreta como órdenes o "verdades absolutas", si lo que ponemos no se correspode con la realidad lo ignora.