Air corre en el escritorio y lo que tienes que subir es el instalador (.air) para que quien lo quiera usar , primero se lo descargue a su maquina, lo instale y despues ya lo pueda ejecutar. Para poder instalarlo el cliente necesita tener
adobe air instalado.
El adobe flex builder te permite exportar el instalador (.air) para que puedas subirlo a algun servidor y se lo bajen tus clientes