Lo que sucede es que un PDF es un sistema de vectores. PHP no va a poder trabajar con ello, vas a tener que usar un programa que este instalado en ese servidor que pueda leer el archivo de PDF y que ese programa tenga la capacidad de exportar a algun otro formato como texto o que pueda enviarte los datos a traves de HTTP. Y que el programa debe tener la capacidad de recibir comandos a traves de HTTP. Con
exec en php vas a poder ejecutar el programa que hayas instalado y enviarle los comandos.