Pues mira pregunte a los de soporte que donde estaba el httpd.conf correcto, me contestaron:
In apache2 httpd.conf was split to different files, please check Include section in your config.
Like, # All the DirectAdmin vhosts
Include conf/extra/directadmin-vhosts.conf
entonces fui a
conf/extra/directadmin-vhosts.conf
y me aparece lo siguiente un httpd.conf para cada dominio o usuario, no es posible configurar 1 para todo el server?
Cita:
Iniciado por Adsl5mb 
En el MySQL optimiza la siguiente variable:
table_cache
A un valor mayor de 2900 por ejemplo 3500.
Y ese httpd.conf es incorrecto sólo tiene los includes, pega el contenido de este:
conf/extra/httpd-mpm.conf
Aunque no se bien como será en DirectAdmin ya que arriba da una advertencia:
# Do not change anything in included files, because they are rewritten by DirectAdmin #