¿Obligatorio que sea con un js?
Si no lo es, una pequeña búsqueda en el foro y la última respuesta se ha dado hoy en otro tema.
Aquí un ejemplo
Para que se ponga "sobre" o lo colocas al final del html (justo antes de cerrar /body o utilizas la propiedad z-index.
Pero si vas a poner un flash, mira la propiedad "v-mode", ámpliamente comentado últimamente tambien.
Un saludo