Si no paras una aplicación, no se para "sola". Si además quieres crearla que se ejecute sin tener una consola abierta, entonces necesitas crear un proceso "demonio", o servicio, de S.O..
Para Java puedes usar la utilidad Java Service Wrapper (
http://wrapper.tanukisoftware.org/do...h/download.jsp) por ejemplo, y para que te lo arranque automáticamente necesitas configurar tu S.O. para que arranque la aplicación cuando el S.O. arranque y se pare cuando el S.O. se pare. Eso ya depende del S.O.
S!