Bueno, la solución es la siguiente:
En el popup tengo esta funcion js
Código HTML:
function pon_prefijo(pref) {
parent.opener.document.formulario_lineas.numero.value=pref;
parent.opener.document.getElementById("numero").focus();
parent.window.close();
}
Y en el parent tengo este input que manda llamar a la funcion showUser cuando el popup da el focus en numero
Código HTML:
<input type="text" name="numero" id="numero" class="validate[required,custom[onlyNumber]] text-input" size="15" onFocus="showUser(document.getElementById('numero').value)" />
Espero que les sirva y cualquier duda avisenme