Muchas gracias, Kaopectate. La opción de cerrar ventanas flotantes con window.close y la de cerrar la ventana madre utilizando opener ya las tenía controladas. Mi duda más bien era si había algun objeto, colección, etc. donde se guardara una referencia a todas las instancias del navegador que estaban abiertas, aunque por lo que veo es imposible.
De todas formas, gracias por la ayuda
Eva