En lo personal, considero (luego de leer algunos artículos) que se debe utilizar un porcentaje, debido a que en resoluciones altas (o aún en las bajas), o incluso por alguna discapacidad, los usuarios pueden requerir utilizar la opción de tamaño de letra por defecto del navegador.
De ser así, si se utiliza un tamaño "absoluto" (por ejemplo 12px), lo bueno es que se verá siempre igual en todos los navegadores, pero para las personas antes mencionadas, les será difícil leer el contenido.
Tal vez se pueda combinar de cierta forma el uso de ambos tipos (porcentual y absoluta), dependiendo de en qué parte o sección se utilice. Por ejemplo, en un menú que debe acomodarse apropiadamente con imágenes, puede requerir especificar un tamaño exacto de la letra, como para que no se mueva nada en el diseño, mientras que el contenido puede utilizar un tamaño con porcentaje, para que los visitantes puedan leerlo sin problema alguno.
Espero que se entienda mi respuesta
