Prueba demultiplexando primero las pistas de vídeo y audio usando el Rejig. Aquí tienes los pasos:
http://www.mundodivx.com/edicionsimple/demuxmpg.php (mira el apartado de archivos VOB). Creo que el pinnacle te aceptará los formatos resultantes sin problemas... haz una prueba y mira si se repite el fallo.
