A ver, haya calma. Supongo que te habla de reinstalar Windows porque las particiones son un guirigay del quince, y hay que volver a reparticionar. Pero eso no supone necesariamente volver a instalar Windows.
Puedes hacer un clonado de la partición de Windows con
Clonezilla, lo mismo con las de GNU/Linux, luego reparticionas, y después restauras las copias clonadas.
No es que sea cuestión de un par de minutos, pero mejor alternativa que reinstalar Windows ya es.