Prueba cambiando tu script modificaUsuario.php asi
Código PHP:
<form action="modificaUsuario2.php" method="post">
<table>
<tr>
<td><select name="modrut">
<?php
mysql_connect("localhost", "root", "") or die ("Error al Conectar!");
mysql_select_db("sistema") or die ("Verifique la Base de Datos");
$consulta = "Select rut From usuarios";
$respuesta = mysql_query ($consulta);
while ($fila = mysql_fetch_array($respuesta))
{
echo "<option value=".$fila["rut"].">".$fila["rut"]."</option>";
}
?>
</select></td>
</tr>
<tr>
<td><input type="submit" name="Submit" value="Enviar"></td>
</tr>
</table>
</form>