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Iniciado por MiLLeN 
Te repito, en src/java, van los paquetes y las clases de java, dentro de web (donde esta WEB-INF que es una carpeta a la que solo se puede acceder a traves de un serlvet, por especificacion de la tecnologia) van las vistas, los css, los js, imagenes, etc...
Eummm no
. La especificación dice que los .class van en WEB-INF/classes, los .jar en WEB-INF/lib, el web.xml en WEB-INF y todo lo demás te lo organizas como te de la gana, sabiendo que WEB-INF está protegido y no se puede acceder directamente.
La especificación no dice nada de una carpeta "web" y menos aun que tengas que poner tus fuentes en una carpeta src/java. De hecho poner tus fuentes en una aplicación es un riesgo para la seguridad y se recomienda no hacerlo excepto en casos concretos.
S!