Icarocu, la consulta a la funcion
LAST_INSERT_ID() es independiente a tu consulta.
Código PHP:
$result=mysql_query("SELECT LAST INSERT_ID() from Mitabla;");
$row = mysql_fetch_array($result);
$uID=$row[0]; // Este es el resultado
Te recomendaria ejecutar tus inserciones desde un SP para luego llamarlo desde un solo select