mmmmmm
Tu idea parece funcionar, sería cosa de hacer pruebas, aunque yo lo hubiera hecho diferente, una de dos: en la página principal hubiera hecho la llamada a la DLL tardada por medio de Ajax de forma asíncrona y en esa misma página tendría un ciclo que leyera la tabla de avances hasta que este llegara al 100 o alguna bandera; o sería en el popup donde haría la llamada Ajax a la mencionada DLL, en la página principal hubiera puesto una de esas capas semi opacas para que no se pudiera hacer nada hasta que esta ventana terminará, incluso esto se puede hacer también sin usar popups.
Alguien alguna vez me dijo, que no hay que ser presa de nuestro propio diseño,
y es lo único útil que podría decir que esa persona me ha dicho 