Estuve averiguando y parece que existe un problema en el primer caso con uno de los controles existentes en la página.
Te cito textualmene la solución que encontro este usuario:
Cita: El problema era que la pagina no conseguia un componente (un DropDownList que uso dentro del formulario). Me di cuenta que en el directorio de carpetas que esta en mi WebServer los controladores que he creado no se encuentran en la carpeta en la que se deberian encontrar, de hecho, no se encuentran.
Lo que hice fue sacar los componentes de la carpeta en donde estan originalmente y colocarlos dentro de la carpeta donde estan mis paginas aspx.
De esta forma funciona bien.
La pregunta de las mil lochas es porque al publicar el site los componentes no se suben a su carpeta correspondiente dentro del directorio.