nop, primero vuela la particion con partition magic, luego reinicia la pc con el cd de modo que arranque primero el cd, cuando el cargue los controladores se inicia la instalacion de windows, antes de llegar al formateo hay una opcion (no recuerdo si es f8) para recuperar windows, selecciona esa opcion y luego pones fixboot (de todas maneras presionando help te dira) lo realizas al menos 3 veces y luego chkdisk (no recuerdo bien pero es algo asi) para que recupere el disco en caso de error, luego reinicias, ya en windows vuelves al partition magic y buscas la opcion de fusionar particiones, si no sabes como en este
enlace te explican los pasos.
saludos