Sistema permisos linux
Debes entenderlo. Tus archivos tendrás un propietario y un grupo (que podrás ver con un
ls -l), por otro lado Apache estará corriendo bajo un usuario (que podrás ver con un
phpinfo() y/o viendo directamente en el archivo de configuración de Apache).
Tu problema es que el usuario con el que corre apache no tiene permisos sobre los archivos ... haz la combinación que quieras, pero ese es tu problema