Para la navegación puedes usar jQuery, es sencillo y mezclando efectos puedes lograr cosas grandiosas. NO uses flash.
Usando
animate puedes cambiar el CSS de tu item, puede ser color, fondo, tamaño, posición y cualquier propiedad que quieras.
Descarga la librería desde
www.jquerry.com Código HTML:
<script src="jquery-1.3.2.min.js" type="text/javascript"></script>
<script type="text/javascript">
$(function(){
$("li.moveUp").hover(
function(){
$(this).animate({"bottom" : "5px"}, 100);
},
function(){
$(this).animate({"bottom" : "0"}, 300);
}
);
});
</script> En ese ejemplo movemos hacia arribacualquier <li class="moveUp">
En cuanto a lo de menu.php, creo que está bien.