Es necesario usar la clase CallableStatement de JDBC. Te quedaría algo así:
con.setAutoCommit(false);
CallableStatement upperProc = con.prepareCall("{ ? = call upper( ? ) }");
upperProc.registerOutParameter(1, Types.VARCHAR);
upperProc.setString(2, "lowercase to uppercase");
upperProc.execute();
String upperCased = upperProc.getString(1);
upperProc.close();
Puedes encontrar más información en:
http://www.postgresql.org/docs/7.4/i...-callproc.html
Espero sea de ayuda,